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Les institutions intercantonales sont au carrefour de la coopération horizontale entre cantons et de la coopération verticale entre cantons et Confédération.
Conférences des directeurs
Les directeurs d'un même département disposent d'organes propres pour coordonner leurs domaines de tâches et élaborer des prises de position commune à l'attention de la Confédération. Les conférences intercantonales des directeurs sont des institutions importantes pour le dialogue entre Confédération et cantons. La coopération horizontale est dans ce sens à la base de la coopération verticale, puisque la Confédération, dans le cadre de ses activités de coordination, s'adresse à tous les cantons pour les affaires qui ne sont pas d'importance régionale.
Conférences régionales des gouvernements
Ces affaires d'importance régionale sont en premier lieu traitées dans le cadre des conférences régionales des gouvernements. Il existe de nombreux domaines pour lesquels la réunion de plusieurs cantons permet d'aboutir à de meilleurs résultats. Ces domaines ne correspondent toutefois pas à un intérêt suisse et ne sont donc pas examinés au niveau fédéral. Il s'agit en effet très souvent de questions relatives à la concurrence et importantes pour chaque site économique de la région concernée.
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