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Die interkantonalen Institutionen bilden ein Bindeglied zwischen horizontaler Kooperation der Kantone einerseits und vertikaler Kooperation von Bund und Kantonen andererseits.
Direktorenkonferenzen
Die Direktoren einzelner Departemente unterhalten eigene Organe zur Koordination ihrer Aufgabenbereiche, aber auch zur Erarbeitung gemeinsamer Stellungnahmen gegenüber dem Bund. Die Direktorenkonferenzen sind zentrale Gefässe zur Aussprache zwischen Bund und Kantonen. Die horizontale Kooperation ist dabei oft die Voraussetzung für die vertikale , da der Bund sich bei seiner koordinierenden Tätigkeit, wenn es sich nicht um Angelegenheiten von regionaler Bedeutung handelt, an alle Kantone wendet.
Regionale Regierungskonferenzen
In den regionalen Regierungskonferenzen werden in erster Linie Gegenstände von besonders regionaler Bedeutung behandelt. Es gibt viele Bereiche, in denen dabei ein Zusammenschluss mehrerer Kantone bessere Ergebnisse erzielt. Trotzdem sind diese nicht von gesamtschweizerschem Interesse und werden deshalb nicht bundesweit behandelt. Sehr oft handelt es sich um wettbewerbsrelevante Fragen mit Bedeutung für den jeweiligen Standort in der Region.
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